Se ha una micosi va curata al più presto...sei sicuro sia solo sabbia?
Di solito sono causate da un ambiente eccessivamente umido, ed infatti...solo dall'immagine del recinto che hai messo, si nota la presenza di molte piante da ombra e amanti del'umidità (Peonia, Edera, Tradescanzia, Potentilla e Dicentra...) spero sia solo un angolino così umido...
Edit: non ho visto la tua risposta, abbiamo scritto contemporaneamente
Credo sia impossibile calpestare una tartaruga adulta, la si vede...e se ricevi visite notturne credo che a quell'ora, come tutte le tartarughe, anche la tua stia dormendo
Per il pozzetto, è assolutamente consigliabile non renderlo accessibile in nessun modo!