io farei l'autopsia, e cercherei di togliermi il dubbio, anche in caso di esito "incerto" comunque sono soldi ben spesi a mio parere (ci hai provato).
credo che bruciare e disinfettare un recinto sia prematuro senza conoscere le cause della morte, inoltre credo che semplicemente tagliando l'erba e lasciando la terra secca e riarsa dal sole di agosto crei condizioni di "disinfezione".
potresti valutare interventi mirati (es. disinfezione della casetta con amuchina) solo in caso l'autopsia stabilisca decesso per infettivi trasmissibili.
P.S. l'herpesvirus può portare ad una morte fulminante? se non ricordo male, questa testudo era stata acquistata in negozio (tenuta con altri esemplari o di altre specie?)