Il fatto che le lesioni siano simmetriche è in effetti curiosa, ma escluderei che se sono dovute ad infezione micotica e/o batterica siano congenite. L'interno dell'uovo è sterile, un embrione non potrebbe mai svilupparsi con un infezione sistemica in corso, morirebbe prima. E' più probabile che, sempre se si tratta di infezione, l'abbia sviluppata comunque nel periodo perinatale in cui le difese immunitarie sono basse.
Per ciò che riguarda l'agente infettivo, le macchie sul carapace ed il fatto che la tarta non mostri altri sintomi di malessere mi fanno pensare più ad un'infezione fungina che batterica. Ciò non toglie che sulle lesioni del piastrone potrebbe essersi instaurata una sovrammissione batterica come diceva Lucio.
In ogni caso credo che sia opportuna una valutazione di un veterinario quanto prima.