Cambi di fondale, rimozione di grossi elementi d'arredo e grandi cambi d'acqua creano sempre uno scompenso in un acquario.
Il motivo è semplice: i batteri che degradano l'ammonio non vivono soltanto nel filtro ma attecchiscono un po' dappertutto ed una buona parte si insedia nel fondale o sui grossi arredi. In acquari ben avviati lo scompenso è contenuto in quanto le colonie che sono insediate nel filtro sono robuste e rigogliose ma in un filtro avviato da un mese le colonie sono ancora in fase di crescita e sono abbastanza fragili, uno scompenso dovuto ad un riallestimento potrebbe creare un carico di lavoro troppo eccessivo sulle colonie le quali potrebbero non essere in grado di smaltire con conseguente indebolimento o distruzione delle stesse.
So che può sembrare esagerato ma t'assicuro che è molto probabile. Fossi in te aspetterei ancora qualche mese poi potresti valutare un riallestimento.

Domanda: hai usato attivatori batterici per far maturare il filtro?