ho avuto lo stesso problema, tempo fa', nel mio acquario (dotato tra l'altro di un filtro eheim).
sempre avuto acqua cristallina, poi improvvisamente l'acqua ha iniziato a cambiare colore dal verdino chiaro al marroncino...dopo 1 mese di peripezie (pulizia filtro, cambi parziali etc) senza risultato, ho risolto il problema "semplicemente" riducendo le ore d'illuminazione, con una pausa pomeridiana: luce dalle 09:00 alle 14:00, pausa dalle 14:00 alle 19:00, luce dalle 19:00 alle 22:00.

questo sistema l'ho adottato da 3 mesi circa, credetemi: problema alghe risolto!