Ciao, un veterinario esperto sicuramente può indirizzarti su cosa sia e come risolvere.
Per la mia (poca) esperienza escluderei che siano danni da "rosicchiamento". A mio avviso l'ipotesi più plausibile è che si tratti di micosi causata probabilmente dalla troppa umidità della zona in cui la piccola ha deciso di svernare.
Se il veterinario dovesse confermarti una micosi, ti darà sicuramente un trattamento adatto, ma la guarigione sarà favorita non già dai farmaci, quanto da un ambiente molto soleggiato e asciutto (non sto dicendo che il posto in cui le tieni non sia adatto, magari il problema è nato solo a causa della zona in cui è stata nei mesi invernali).
Per quanto riguarda il carapace, se si tratta di micosi, una volta guarita tornerà come nuovo in qualche anno.