se sai che il pesticida è entrato, e visto gli effetti che ha avuto, non capisco perché non svuotare le vasche.
recentemente ho svuotato uno dei miei laghetti, quello da 200 litri, per fare un po' di pulizia della sporcizia depositatasi, dividere le ninfee e ridurle (data la dimensione gigantesca raggiunta), ed è stata un'operazione piuttosto rapida: con un secchio ho svuotato il grosso dell'acqua, per gli ultimi litri ho usato una vaschetta rettangolare in modo da "raschiare" bene il fondo e poi una grossa spugna (tipo quelle per lavare le auto) per assorbire e strizzare fuori l'acqua rimasta.
nel tuo caso, concluso lo svuotamento, potresti sciacquare pareti e fondo con un po' d'acqua pulita, poi rimuoverla nuovamente, e infine riempire nuovamente con acqua pulita.