Aspetterei ancora almeno un paio di settimane a ritirare la TS in letargo controllato. Non preoccuparti per la digestione.

Per il filtro non devi cambiare nulla, ti basta lavare bene spugne e materiale biologico con acqua corrente (che contiene cloro), se per maggiore tranquillità vuoi evitare il passaggio di eventuali patogeni, puoi lavare filtro e materiali con amuchina diluita e poi risciaquare bene il tutto.
dovrai poi procedere a seguire le regole di rimaturazione del filtro con tartarughe in vasca.