sicuramente parte delle infezioni non sono più attive e sono già cicatrizzate, ma alcune forse sono ancora attive e sarebbe meglio raschiare il materiale infetto, arrivando eventualmente all'osso.
personalmente farei il lavoro a mano con un grosso ago da siringa o un altro strumento simile, se hai un dremel sicuramente potresti usarlo tipo trapano dal dentista ma devi essere certo di avere un controllo perfetto e di non fare più danni che benefici.
dopo la ripulitura disinfetti bene.
cerca di tenere l'acqua ben pulita, filtro esterno sovradimensionato, cambi frequenti con acqua ben decantata, puoi inoltre rendere l'acqua acida inserendo acidi tannici/umici che vengono rilasciati dalla corteccia di sughero usabile come zona emersa, da legni per acquario oppure da appositi prodotti per acquario (foglie di catappa, pignette di ontano, prodotti liquidi tipo Torumin). L'acqua acida sfavorisce la proliferazione di batteri e funghi