il telo in epdm ha una serie di vantaggi indiscutibili: è praticamente eterno (durata garantita 20 anni) e può assumere qualunque forma, inoltra non rischia di fessurarsi nel tempo anche a seguito di assestamenti del terreno, non richiede manutenzione, non rischia di rilasciare sostanze tossiche nell'acqua, nell'eventualità di rimozione si toglie senza problemi, senza considerare la facilità e rapidità di posa.
premesso che tu faccia il muratore/carpentiere e non debba pagare la manodopera, mi pare difficile che in termini di costi non ci siano differenze, considerando che dovrai fare una gettata di spessore opportuno usando una notevole quantità di materiale a cui si aggiungerà l'impermeabilizzante.

riguardo alle domande.
1) le palustri (tipo emys) non sono ottime nuotatrici, per cui va studiato un laghetto preferibilmente più ampio, con zone di acqua bassa e molta vegetazione palustre. Le acquatiche ottime nuotatrici al contrario necessitano di zone di acqua profonda dove poter nuotare nei vari strati d'acqua.
2) se vuoi fare letargo in laghetto, la superficie minima è 3x3 metri, con profondità centrale di 1 metro, ed una serie di gradini di altezza ridotta che portino dal punto profondo alle rive, questo perchè durante il letargo le tartarughe sono "addormentate" e devono poter arrampicare le sponde fino a raggiungere l'aria: in presenza di pareti verticali, gradini troppo ripidi o sponde inclinate troppo ripide, rischierebbero di scivolare essendo oncapaci di nuotare nello stato letargico, finendo per annegare.
se invece disponi di un locale freddo, le peschi a novembre, le metti in basinelle con poca acqua e le lasci lì fino a marzo, loro faranno il letargo (addormentate) in sicurezza, e le rimetterai nel laghetto a marzo quando saranno sveglie, in tal caso la conformazione delle sponde può anche essere curata con meno attenzione, perchè se le tartarughe sono in stato attivo, possono nuotare.