l'acqua deve incontrare prima i materiali filtranti meccanici (lana e/o spugne) che trattengono particelle grossolane di sporco (avanzi di cibo, deiezioni, pezzi di piante) e poi i materiali filtranti biologici (cannolicchi, bioballs, ecc.).
nei filtri esterni il fatto che il materiale meccanico stia sopra, sotto o di lato dipende dal modello di filtro, in base a come l'acqua fluisce nel filtro.
se ho ben capito tu hai un filtro artigianale a caduta (un secchio tipo sump?), con la pompa sul fondo del secchio e l'acqua che arriva da sopra: se è così metti sopra la lana (in modo che sia il primo materiale incontrato dall'acqua in arrivo al filtro), a seguire i cannolicchi prima della pompa.
se la pompa si sporca spesso, puoi proteggere l'aspirazione con un pezzetto di spugna: lavare la spugna è più rapido che dover smontare la pompa e lavare girante e sede.