Secondo me se disassembli il filtro una volta a settimana e lo lavi sotto l'acqua corrente tanto vale che lo togli. Così ti fa solo un filtraggio meccanico e non ha senso neanche tenerci i cannolicchi perché i batteri non fanno tempo a crearsi che li lavi via.
Da come dici secondo me può essere appunto un problema di filtraggio, forse impazziresti meno a non pulire il filtro una volta a settimana ed anzi ad effettuare cambi parziali in modo che si crei un ecosistema durevole con un filtro avviato.
Non avendo ben capito però se fai cambi regolari dell'acqua però è difficile dare una spiegazione certa.