Si può spiegare la situazione e chiedere di inserire i microchip oggi, regolarizzando del tutto i genitori, fare quindi denuncia ritrovamento del piccolo e chippare anche lui. Questo nel caso, tu avessi solo la denuncia di possesso e non il cites. Meglio andare direttamente al cites di competenza territoriale con i certificati che hai per avere ragguagli e per compilare la corretta modulistica che se non la si conosce può creare confusione.
Credo sia la cosa più semplice da fare.