i filtri esterni vanno posizionati sotto l'acquaterrario, ti consiglio la lettura di questa scheda:
Tartarugando - Schemi di filtrazione acquari per tartarughe

sul fondale è meglio usare sabbia di fiume fine, per la pulizia puoi avvalerti di uno di quei sifoni per acquario ad innesco manuale, ma considera che se hai un buon filtro esterno potente che crea una buona circolazione di acqua nella vasca, la sifonatura del fondale potrà essere fatta con frequenza ridotta