Caro Tartamau,
Scusa, non voglio fare il supponente su salmonella ma:
1) Salmonella non è batterio ubiquitario, perchè non lo trovi nel terreno, nell'acqua, etc etc.
2) Salmonella è un'enterobattriacea se è sulla cute di un animale e non causa patologia, vuol dire che ha un serio problema di igiene.
Purtroppo quello che ti è successo è normale, in quanto il regolemento di polizia veterinaria non distingue i ceppi di salmonella ma, sulla base del principio di precauzione, riporta Salmonella spp. Se ci si rivolge a un istituto zooprofilattico, che è un ente di pubblica sicurezza, loro dovranno fare la denuncia per forza. Eisistono rare sierovarianti di Salmonella non patogene e che comunque possono essere patogene nei soggetti immunodepressi. Uno dei problemi che si hanno spesso con i mammiferi è che eistono eliminatori asintomatici. Nel caso di uccelli e rettili, ospite e batterio si sono molto ben adattati tra loto è il secondo difficilmente causa patologia ma è ingrado di replicare nel primo.
Sulla dieta e le condizioni ambientali hai perfettamente ragione ma perdonami ma se un animale è infestato da protozoi (patogeni) credo che l'ipofertilità sia l'ultimo dei problemi.