Ciao! Credo che la questione Salmonella sia abbastanza discussa, la letteratura disponibile è basata su dati americani dove Salmonella spp. cloacale è stata isolata in meno del 5% dei casi; ma in america (almeno in linea teorica) le tartarughe dovrebbero essere Salmnella free per poter essere vendute. Un lavoro su tartarughe selvatiche in Spagna evidenzia come dal 100% delle tartarughe terrestri e dal 12-15% di quelle acquatiche sia stata isolata Salmonella! Quindi in linea prettamente teorica è più facile che l'Hermanni abbia infettato la Trachemys. Per quello che ne so io (poco) Salmonella può esserere una causa di ridotta schiusa negli uccelli (conisderando che anche questi animali sono portatori) ma non sono sicuro che lo sia nei rettili (il Mader non lo riporta).
Se posso permettermi di darti un suggerimento, se ritieni che Salmonella possa essere la causa della ridotta schiusa fai un tampone clocale ma sopratutto sarebbe da fare la ricerca di Salmonella sull'uovo (intero).
Ti allego questo link se ti interessa (è un pò vecchio, i dati che ti ho riportato sopra sono più aggiornati):
http://vetmed.illinois.edu/mmitch/pdf/salmonella.pdf
PS. per quanto riguarda la legge italiana Salmonella, in qualuque specie animale, è una zoonosi sottoposta a obbligo di denuncia, non è quidi una patologia da prendere "sotto gamba". Sarrebbe sempre meglio fare l'isolmento batterico con antibiogramma per evitare l'insorgenza di antiobiotico resistenze, poco gradevoli sia da un punto di vista sanitario che economico.

Ciao