Senza ombra di dubbio è un'infezione, anche piuttosto estesa.
Il gentalyn beta dubito che riesca a fare qualcosa, rivolgiti ad un veterinario esperto in animali esotici e rettili. Puoi trovare una lista qui:
Tartarugando - Elenco veterinari esperti in rettili

La causa è probabilmente da ricercare nell'acqua. Se lavi il filtro così spesso di sicuro nono lo hai fatto maturare, e un filtro non maturo è solo una macchina che spinge acqua... non la tiene microbiologicamente stabile e sicura.

Posso chiederti che di che marca è e il modello preciso?
Se le dimensioni di base della vasca sono 130x70, IPOTIZZANDO almeno 40 cm di colonna d'acqua si parla di almeno 360 litri di acqua.
E insomma, un filtro che tenga puliti quei litri, specialmente con 3 esemplari di Trachemys... deve avere il suo perchè.
E' sempre una mia congettura, ma dubito che tu abbia un filtro all'altezza.
Sarò felice di essere smentito.
Ma leggendo anche che svuoti la vasca... per forza l'acqua non è matura.
E non credo che ci si avvicini nemmeno ai 300 litri, sarebbe un'operazione titanica ogni volta.

Insomma, qualche info in più (qualche foto e si fa prima) sul setup della vasca, un giro RAPIDAMENTE dal veterinario, un cambio di filtro (o potenziamento dello stesso, ma sono dubbioso) e la situazione migliorerà sicuramente.