Ho risposto prima di là che qui.
Quindi il problema è tutto qua: non hai un filtro biologico.
Hai un filtro interno (che sarebbe meglio cambiare in favore di uno esterno) e sopratutto... LO RESETTI OGNI VOLTA!!!
L'acqua non va mai cambiata completamente, questo deve essere chiaro da subito.
La si cambia solo parzialmente e preferibilmente, mai sopra al 20-30%.
Ordinariamente, con un filtro efficiente, basta un 10% alla settimana.
Ma prima il filtro va fatto maturare.

Partiamo però dal fatto che non hai nemmeno materiali molto performanti: saranno immagino cannolicchi ceramici, a bassissima porosità.
Bene, li cambierei alla svelta con cannolicchi in vetro sinterizzato, che offrono, a parità di volume, 30 volte la superficie colonizzabile.
Un pacco di Glaxring o simili da 550 grammi dovrebbe bastarti (sono piccoli questi filtri interni). Sarebbe meglio tu scegliessi i "mini" che costano qualcosa di più, ma accontentiamoci intanto di avere materiale sinterizzato.

Una volta che il filtro è completato, va fatto maturare: consiste in quel processo naturale per il quale colonie batteriche si stanziano nel filtro operando il ciclo dell'azoto.
Come si fa in soldoni?
Intanto smettendo di cambiare l'acqua completamente, poi ogni giorno si prende il 10% dell'acqua in vasca e la si cambia con un'equivalente volume (qualcosa in più in realtà perchè va considerata l'evaporazione) di acqua NON prelevata IN QUEL MOMENTO dal rubinetto, ma lasciata riposare in un secchio per almeno 24 ore.
Questo processo (decantazione) consente ad una parte del cloro di lasciare l'acqua, evitando la sterilizzazione ogni volta dei materiali.
Questo processo va ripetuto per almeno UN MESE.
Più o meno 4 settimane dopo il filtro riuscirà in autonomia a smaltire il carico biologico (sempre che non sia sottodimensionato eccessivamente) e potrai andare al cambio PARZIALE una volta alla settimana.
Sempre con acqua decantata, ça va sans dire.

Detto questo, ti consiglio di perdere una mezz'ora nel leggere attentamente questi articoli:
Tartarugando - Schemi di filtrazione acquari per tartarughe
Tartarugando - Guida a come far maturare il filtro esterno
Tartarugando - IL FILTRO