Ciao.
Per i batteri nel filtro non c'è assolutamente problema se il materiale filtrante rimane a bagno e comunque vieni lavato velocemente con l'acqua stessa dell'acquario e rimesso subito a bagno.
Io comunque ti consiglierei di togliere meno acqua (massimo un 15-20%),magari sifonando il fondo in modo da pulire meglio la sporcizia, anche perchè i batteri non si annidano solo nel filtro ma anche nello stesso acquario !!!!
L'ideale secondo me sarebbe fare ogni mese cambi parziali di acqua di circa 10-15% massimo logico che comunque dipende anche dalla grandezza delle tarta e dalla sporcizia che producono !!!!