Ciao Manuel, secondo me ti stai facendo fin troppi problemi: io non ho mai bollito il sughero, mi limito a lavarlo sotto il rubinetto con acqua molto calda, dopo averlo spazzolato con bicarbonato di sodio, se vedi che fa un po' di muffa ma non si sbriciola, puoi ripetere il lavaggio e riusarlo senza problemi.
Hai fatto benissimo ad usare la prima bollitura, non c'è motivo di scartarla.
Considerando che le mie tartarughe stanno in vasche/laghetti all'aperto con solo fitodepurazione e rabbocchi d'acqua, non penso che l'acqua col tannino "invecchiata" possa creare danni particolari, se vuoi essere sicuro che non si sviluppino troppi batteri cerca di usarla entro un mese, se poi ti serve altro tannino puoi prendere i prodotti specifici da acquario oppure procurarti a costo zero un po' di corteccia o legno di castagno o ontano nero oppure le pignette dell'ontano o foglie di quercia.