per le tartarughe il colore dell'acqua è indifferente (in natura vi sono anche acqua fangose), il problema è che dentro un acquario l'acqua può diventare marroncina "positivamente" nel caso vi sia sughero o legno naturale che rilascia tannino, nel tuo caso non essendoci sughero (usi una piattaforma commerciale in resina) o legno, l'acqua sta diventando marroncina perché il filtro non la pulisce opportunamente.
inoltre va considerato che le Pseudemys sono tartarughe rustiche quindi l'ideale è l'allevamento all'esterno, sono inoltre una specie che raggiunge grosse dimensioni e tu hai 3 esemplari, quindi qualunque soluzione indoor può essere solamente temporanea, il mio consiglio è di predisporre un laghetto all'aperto, investendo soldi nella sistemazione definitiva, ed evitando di spendere in filtri, vasche e lampade che potranno essere utilizzate per pochi mesi.