Prima di tutto, mi dispiace per la perdita...
Come detto da Akumal, meglio concentrarsi sull'esemplare che già possiedi e mi fa' piacere leggere, che avevi già preso in considerazione la cosa.
Per quanto riguarda il discorso disinfezione: la vasca la puoi lavare anche semplicemente con acqua calda. Alla fine hai solo la necessità di lavare il contenitore dalle alghe.

Le tartarughe NON vanno lavate nel modo più assoluto!
Al limite, se proprio vuoi, puoi passarle una spugnetta sul carapace...quella per i piatti ovviamente nuova, lato morbido SENZA alcun prodotto (solo acqua), anche se naturale! Questo, giusto per asportare eventuali patine create dalle alghe...ma è un'operazione che non farei spesso.

Una volta ripristinata la vasca, cerca di gestire l'acqua (come già facevi) con cambi frequenti e regolari. A questo punto, con interventi "quotidiani". Lo so, non sarebbe da fare tutti i giorni, ma visto il filtro, una mano bisogna dargliela. E' una situazione d'emergenza e bisogna gestirla.
Tutto questo, in attesa di sistemazione definitiva con filtro all'altezza della situazione.
Tienici aggiornati, mi raccomando.