È perfettamente regolare.
Le norme che impongono il marcaggio definitivo col microchip entro il primo anno di vita sono state diramate da organi italiani, dunque valgono solo per l'emissione (e il rinnovo) dei certificati italiani.
Presumo che presto saranno ricalcate anche dalle autorità degli altri stati membri UE, ma fino ad allora le cose stanno così.